En los albores del período virreinal, los españoles fundaron varios pueblos de indios sobre los valles de Querétaro y San Juan del Río. Su establecimiento fue parte central de las estrategias de control y dominio hispanas en contra de los grupos chichimecas del norte. Sin embargo, los estudios que se han llevado a cabo sobre el pasado de las comunidades indias de origen novohispano en la entidad son mínimos.
La etnohistoria nos permite conocer los procesos de cambio que enfrentaron y las respuestas que emprendieron las sociedades indias de Querétaro en el turbulento siglo XIX.